Seine Gezeitenabschnitte beherbergen eine der dichtesten Populationen von Leistenkrokodilen in Australien, einer Art, die sich seit 200 Millionen Jahren morphologisch nicht verändert hat. Ausgewachsene Männchen können eine Länge von über fünf Metern erreichen und mehr als 450 Kilogramm wiegen. Die brackige Gezeitenzone des Flusses, in der Süßwasser zweimal täglich auf das Korallenmeer trifft, bildet ein Ökosystem aus Mangrovenkorridoren, untergetauchten Baumstämmen und Wattflächen, das mehr als 430 Vogelarten, 30 Reptilienarten und 12 Säugetierarten beherbergt, die nirgendwo sonst auf dem Kontinent vorkommen.
Eine Krokodilsafari auf dem Daintree River wird auf einem 15 Kilometer langen Abschnitt zwischen der Fährüberfahrt und der Flussmündung betrieben, wo das Eindringen von Salzwasser die Krokodildichte am höchsten hält. Die Boote folgen bei Ebbe den Rändern der Wattflächen und Mangrovenkanäle – dem Zeitraum, in dem das Sonnenbad-Verhalten seinen Höhepunkt erreicht und die Sichtbarkeit der Reptilien an klaren Vormittagen auf über 80 Prozent steigt. Die Betreiber zeichnen Sichtungen in digitalen Protokollen auf, die mit dem Department of Environment and Science von Queensland geteilt werden. Dies trägt zu den Protokollen zur Populationsüberwachung bei, die 1971 nach der Unterschutzstellung der Art eingeführt wurden. Der Fluss beherbergt auch Baumkängurus, Azureisvögel und Ulysses-Schmetterlinge, deren schillernd blaue Flügelspannweite bis zu 14 Zentimeter erreicht.
Crocodile Express und Solar Whisper sind führend auf dem Markt für Krokodiltouren auf dem Daintree River und betreiben speziell für die Navigation in Gezeitengewässern und die Wildtierbeobachtung zertifizierte Boote. Beide halten Abfahrtspläne ein, die auf den vom Bureau of Meteorology veröffentlichten Gezeitentabellen basieren. Dies stellt sicher, dass die Fahrten innerhalb von zwei Stunden vor oder nach der Ebbe starten, wenn die Schlammbänke die Sonnenplätze freigeben. Die Naturführer an Bord identifizieren einzelne Krokodile anhand von Narbenmustern und der Schnauzenform, wobei einige Tiere seit über drei Jahrzehnten dokumentiert sind. Die Route der Bootsfahrt führt am Barratt Creek vorbei, einem Zufluss, an dem sich Jungkrokodile in der Trockenzeit sammeln, sowie an den Mangroveninseln nahe der Flussmündung, wo Weißbauch-Seeadler in emporragenden Papierrindenbäumen nisten.
Der Status des Daintree als UNESCO-Weltnaturerbe seit 1988 erfordert strenge Geschwindigkeitsbegrenzungen für Boote und Annäherungsabstände zu Wildtieren, die von den Rangern des Queensland Parks and Wildlife Service überwacht werden. Das Einzugsgebiet des Flusses entwässert 2.100 Quadratkilometer tropischen Waldes und führt eine Sedimentfracht mit sich, die das Wasser das ganze Jahr über tannindunkel färbt – eine hydrologische Konstante, die die Räuber-Beute-Dynamik hier seit der Kreidezeit geprägt hat. Die Infrastruktur für Krokodil- und Wildtierbeobachtungsfahrten auf dem Daintree River umfasst schwimmende Pontons, die an Seilfähren verankert sind, speziell angefertigte Einstiegsrampen und ein Besucherinformationszentrum, das von den traditionellen Eigentümern der Kuku Yalanji betrieben wird, die diese Gewässer seit 50.000 Jahren befahren.
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